1、观念落后，缺乏高效、协调的管理理念
    对发展中药产业认识不足。片面地将中药产业视为中药材种植，而对中药新药研发、生产、销售等环节缺乏完整的规划。导致管理、科研、生产、销售等各个环节脱节，优势无法集成，中药现代化的产业链无法形成。知识产权品牌意识淡薄。目前仅有赶黄草进行了原产地认证，中医药成果申请专利的极少，1990年以来仅有34项。缺乏可持续利用的理念。大量的野生药用资源被破坏，甚至趋于枯竭。
    2、药材生产缺乏规划，技术水平不高
    我市中药材生产缺乏规划，盲目发展，一哄而上的现象比较严重。缺乏对我市中药材品种资源、人工驯化和种植技术、药材质量标准、加工炮制等等方面的完整、系统研究。种植规范化水平低，除黄栀子、赶黄草按规范化种植外，其它品种的种植大都采用传统种植技术和种植习惯。药材采收、加工、贮运不规范，生产管理粗放，技术人员缺乏，生产人员素质不高，有的尚对中药材生产规范化种植的要求不甚了解。
    3、中药企业规模小，集成度低
    我市中药工业企业存在“一小、二低、三滞后”的现象。一是企业规模小。全市有3户通过国家GMP认证的中药生产企业，能生产5种剂型14种中成药，年产量仅有846吨，年销售收入仅为1.55亿元，达到1亿元以上规模1家，达到3000万元以上规模1家。其它中药材加工企业规模小，产业分散。二是生产水平低，存在“小而全”的现象，生产线重复，科技含量低，缺乏竞争的优势品种。在国家GMP认证中，共通过认证的五个剂型，就有颗粒剂、片剂、胶囊剂是重复的。40多个品种未能通过。三是市场开拓、产品研发滞后。
    4、中药科研优势整合度差，成果转化率低
    资金投入不足，特别是新药研制经费严重不足，2000年至2002年中药新药研究开发项目32个，其中国家6个，部省级17个，市级6个，企业自立3个，争取经费482.2万元，自筹经费970万元。高层次、高水平的专业人才匮乏，主要集中在泸州医学院。科研与生产脱节，成果转化率不高，近五年，共取得中医药科研成果150多项，仅有1项在市内转让成功，有3项转让到市外。专利成果实施差，自1990年以来，共有34项中药及保健食品技术申请国家发明专利，有11项授权，均无法在市内实施。其中1项转让到广西桂林，成为桂林的拳头产品。还有100多个院内制剂无法升级。
    5、中医药商贸流通业不健全，市场化水平不高
    中医药商品交易手段落后，未形成现代物流管理技术和网络技术、交易管理系统等支持系统，仓储、运输较为落后，营销管理人才奇缺，从业人员素质不高。