在国家创新基金实施五周年之际，科技部和财政部于2004年11月4-5日在南宁召开了“科技型中小企业技术创新基金工作会”。创新基金南宁工作会议是创新基金工作中规格最高的一次会议，也是首次由科技部和财政部联合举办的一次会议。出席会议的主要领导有中国科协党组书记、原科技部副部长邓楠，科技部副部长刘燕华，财政部部长助理张少春，全国人大常委、全国人大财经委副主任、创新基金专家咨询委员会主任严义埙、科技部副秘书长李健等。全国各省、直辖市科技厅，部分省市财政厅，国家高新区等单位的代表共300多人参加了会议。科技部副秘书长李健主持了会议的开幕式。会议的主要任务是：以十六届四中全会精神和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，系统总结创新基金实施五年来日方长的成就和经验，研究下一阶段创新基金工作的方向和方针，部署具体工作和任务。
    邓楠书记、刘燕华副部长、张少春部长助理和严义埙主任在讲话中高度评价创新基金实施五年所取得的成绩，充分肯定创新基金的管理模式。据对全国已验收的1500个创新基金承担企业的统计，创新基金的资助使企业销售收入增长14倍，利税增长18.5倍，新增就业人数10万人，引导社会资金投入的额度是创新基金的17倍。截止今年6月24日在深圳中小企业板发布招股书的20家企业中，获得创新基金支持的有10家。创新基金引导科技型中小企业创新、创业的作用已经显示出来。创新基金采用“三位一体”、链式管理、公告监督的公开、透明、可信公共财政资金管理模式。
    财政部党组成员、部长助理张少春在讲话中指出，创新基金是科技部、财政部对新形势下公共财政支持中小企业技术创新活动的有益探索，两部在工作中密切配合，支持和保证了基金的高效规范运作，取得了很大的成就，也得到社会有关方面的认同。五年取得的经验和体会，为创新基金进一步的发展和完善打下了坚实的基础。对基金下一步工作，张部长提出，一是要加强财政和科技主管部门的配合，进一步改进和完善基金的管理，加大地方财政部门对基金的监管责任，二是地方财政应加大对科技型中小企业的支持，注意整合各项财税对企业支持政策配套互动，三是要求从事基金工作的同志要以创新的精神和强烈的责任感开拓创新基金工作的新局面。企业司副司长周来振认为，在财政部众多的基金中，创新基金的管理是最规范、最科学的基金之一。邓楠同志在讲话中特别强调，创新基金体现了中国政策的政策导向。它不单是一个资金的投入，而且是一个政策的体现。我国设立创新基金5年来取得的显著成绩，实现了设立之初的预期目标，证明我们的政策和措施是非常有效的，应该坚定不移地坚持下去，应该根据需要逐步扩大对创新基金的支持。
    与会领导和专家在肯定成绩的同时，也对进一步完善创新基金的管理工作提出了希望和建议。主要包括：一是加快创新基金的立法进程。二是创新基金的管理模式要创新。财政部与科技部将于近期联合出台创新基金的资金管理办法（财政部企业司制定）和创新基金项目管理办法（科技部计划司制定）。在新的创新基金的资金管理办法中，创新基金由现行的直拨方式改为国库集中支付，地方财政部门要加强对创新基金项目的监理，负起监管的责任。在新的创新基金项目管理办法中，强调节约项目申报成本，缩短项目立项周期，加强地方科技管理部门在项目立项评审中的作用。三是要增加国家创新基金的规模。四是地方财政部门要加大对创新基金的支持力度。
    会议安排了10个地方科技厅（局）和财政厅等单位进行了大会交流。四川省科技厅副厅长刘东介绍了四川省创新基金实施五年取得的成绩、主要做法和体会、下一步的工作思路以及五周年的宣传情况，得到了创新基金管理中心的好评。
    会议还讨论了创新基金管理中心2005年的部分工作设想。2005年创新基金工作的初步设想是：
    1、继承与发展创新基金的主要资助方式（小额资助，无偿资助，贷款贴息），加大小额资助支持的力度，强化创新基金“雪中送炭”作用。
    2、积极探索设立创业投资母基金及对高成长性科技型中小企业的资本金支持方式。
    3、研究探索支持科技型中小企业集群的技术创新活动，支持促进区域经济发展的产业集聚。
    4、加强创新基金项目的申报、审查工作。为了进一步提高创新基金的运营质量和工作效率，更加准确、客观的评价项目与企业，创新基金拟将一定的工作环节如项目形式审查、程序性的审查、部分评审工作（30%评审分数权重）沉放到地方，目的是增加地方的项目筛选、把关的工作环节，加强地方的责、权、利，发挥好地方在创新基金工作中的作用。